La formación más característica son los pinares de pino canario, acompañado por especies tan interesantes como el amagante (Cistus symphytifolius). Además la Caldera alberga una rica flora rupícola que crece en las escarpadas paredes y roques. Es aquí donde viven los numerosos bejeques (géneros Aeonium y Greenovia), etc.
La vegetación de las cumbres quizá sea la más interesante, ya que en estos lugares viven numerosos endemismos y plantas en peligro de extinción como el retamón (Genista benehoavensis), la violeta (Viola palmensis), la Bencomia exstipulata y el Echium gentianoides, estos tres últimos considerados prioritarios en la directiva Hábitat.
En la fauna vertebrada caben destacar especies de aves endémicas de la Macaronesia: la paloma rabiche (Columba junionae), el canario (Serinus canarius), el bisbita caminero (Anthus berthelotii), el vencejo unicolor (Apus unicolor) También existen tres especies de murcielagos de las cuales el murciélago de Madeira (Pipistrellus maderensis) es un endemismo de Macaronesia, o el endémico de las Islac Canarias, el murciélago orejudo (Plecotus teneriffae) También hay que destacar dos reptiles el lagarto Tizón (Gallotia galloti palmae) y la salamanquesa o perenquén (Tarentola delalandii).
Uno de los principales objetivos de gestión establecidos en el PRUG de la Caldra es la puesta en marcha de programas de rescate genético de las especies en peligro de extinción, como la violeta y el retamón, que viven en las cumbres de La Palma. Con estas dos especies pero especialmente con el retamón, se han realizado y se siguen realizando labores de protección, investigación, experimentación y seguimiento individualizado de todas sus poblaciones desde 1988. Además desde 1993 existe una base de datos informatizada con la que se pueden observar el crecimiento, daños, inicio de la madurez y preferencias ecológicas que han servido para determinar áreas idóneas en las sucesivas repoblaciones.
En la Caldera se han realizado labores de control sobre la especie Ageratina adenophora durante tres años seguidos, arrancando plantas y repoblando con especies autóctonas a principio de los noventa. Después de dos años estas zonas volvieron a colonizarse de nuevo con Ageratina. En un inventario botánico se descubrió que vivía en el 80% del Parque, incluídas las paredes, y no aparecía por encima de los 1.800 m. Por dichos motivos se desistió de su control. También Pennisetum setaceum es otra especie que está tratando de colonizar el Parque desde las partes más bajas, aunque en este caso, se está realizando la limpieza en toda la isla.
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